В 2007 Кошта выиграл престижную итальянскую молодежную многодневку «Джиро делле Реджиони», а в 2008-м выдал и вовсе удивительно успешный сезон, заняв вторые месте на «Джиро делле Реджиони» и «Тур де л'Авенир» и попав в топ-10 на молодежном чемпионате мира, как в разделке, так и в групповой гонке.
Перед началом 2009-го года 22-летний Руй перешел к Эусебио Унсуе в Caisse D'Epargne. Впервые в карьере братья Кошта оказались в разных командах. Талантливый Руй оказался в мировом тура, а менее способный Марио еще надолго застрял в континентальных португальских проектах. В профессионалах Руй дебютировал достаточно уверенно, в первый же год он выиграл французскую многодневку «Четыре дня Дюнкерка» и стартовал на «Тур де Франс». А вот следующий 2010-ый год стал для португальца очень тяжелым. На «Тур де Франс» он угодил в скандальную историю, когда на него с кулаками после одного из этапов накинулся испанец Карлос Барредо (мы рассказывали об этом случае в одном из
наших материалов посвященных дракам в велоспорте). А уже после «Тура» стало известно, что Руй вместе с братом провалил допинговый тест на чемпионате Португалии. Пробы братьев дали положительный результат на наличие метилгексанамина. В дальнейшем они все-таки сумели доказать, что препарат попал в их организм при приеме биодобавки, причем в составе добавки наличие в нем метилгексанамина указано не было. В 2011-м году Унсуе вернул его в свою команду, титульным спонсором которой на тот момент уже был Movistar.
В следующие пару лет Руй стал одним из лучших гонщиков мира. На «Тур де Франс» он приезжал помогать Вальверде, но это не помешало ему выиграть три этапа гонки в 2011 и 2013-м годах.